Khoa Bồi dưỡng nghiệp vụ Hải quan là đơn vị chuyên môn thuộc Trường, có chức năng tham mưu, xây dựng chương trình, tài liệu và tổ chức bồi dưỡng kiến thức, kỹ năng nghiệp vụ trong lĩnh vực Hải quan.
Khoa thực hiện nhiệm vụ bồi dưỡng theo yêu cầu vị trí việc làm của công chức thuộc lĩnh vực Hải quan; đồng thời phối hợp với Cục Hải quan, các cơ quan, tổ chức liên quan trong việc tổ chức đào tạo, bồi dưỡng, tập huấn, hội nghị, hội thảo, diễn đàn, tọa đàm và tư vấn chuyên môn về lĩnh vực Hải quan.